Le fil conducteur est assez simple. Jugez-en par vous-même.
Dans le pays d'Amestris, où l'Alchimie est une véritable science, deux frères, Edward et Alphonse Elric, parcourent le monde à la recherche de la légendaire Pierre Philosophale. Mais quelle est la raison de cette quête ?
Alors qu'ils étaient encore enfants, les deux frères ont tenté de ressusciter leur mère grâce à l'alchimie. Ils savent pourtant que cet acte est interdit et vont cruellement comprendre pourquoi quand l'aîné, Edward, perd un bras et une jambe alors qu'Alphonse laisse tout son corps lors de la tentative. Heureusement, Edward a le temps de sceller l'âme d'Alphonse dans une armure, lui sauvant ainsi la vie.
Edward s'engage alors dans l'armée en tant qu'alchimiste d'État. Il n'a que 12 ans et réussit l'examen haut la main, obtenant son nom d'alchimiste, le Fullmetal Alchimiste. Avec les avantages que procure ce poste, les deux frères vont entamer des recherches, souvent au risque de leur vie, pour découvrir la pierre qui leur rendra leur part de corps. Mais le secret de la Pierre Philosophale est difficile à percer.